جهت كاهش حجم و تغليظ و تخلیص پروتئينها، از روشهای مختلف رسوب دهی مانند رسوب ‌دهی به وسيله نمك، حلال‏های آلی و حلال های پليمری استفاده می‏شود.

رسوب‌‏دهی به وسيله نمك

روش عمومی براي انجام عمل رسوب‏دهی استفاده از نمك است كه با افزايش مقدار نمك حلاليت پروتئينی كم شده و به هم پیوسته و رسوب می‏کند. قدرت رسوب‏دهی نمك‌ها، به‌ صورت ذرات آنيوني و كاتيون در زیر نشان داده شده است.

Anions: Po43-, So42-, CH3Coo-, Cl-, Br-, No3-, Clo3-, I-, SCN

Cations: NH4+, K+, Na+, gunidine Cl(CH2)3

از طريق هيدراته‏شدن یونهای مثبت و منفی نمك افزوده شده در محلول و دور كردن مولكولهای آب از سطوح هيدروفوب پروتئين‌ها و درنتيجه اين سطوح هيدروفوب به هم پيوسته و رسوب می‏نمایند.

رسوب‏دهی به وسيله حلال‏های آلی

با افزايش حلال‌ آلی، قدرت حلاليت مولكولهای باردار آب دوست پروتئينها در محيط آبی كم شده و باعث به هم پيوستن ذرات مولكولی و رسوب‏دهی آنها می‌شود (مانند مكانيزم رسوب‏دهی پروتئين‏ها در نقطه ايزوالكتريك، در غلظتهای پايين نمك). به عنوان مثال اتانل، در جداسازی پروتئينهای پلاسمایی بسيار مورد استفاده قرار مي‌گيرد.

رسوب ‌دهی به وسيله پليمرهای آلي

این روش، مانند روش استفاده از حلال‌ آلی و از طريق كاهش فعاليت محيط آبی است. به عنوان مثال Poly Ethylen Glycol، در جداسازی پروتئينهاِی پلاسمایی، فراوان مورد استفاده قرار مي‌گيرد.