آنالیز، تخلیص و شناخت پروتئینها که هر کدام از آنها وظیفه ای خاص دارند باعث می شود، بشر در آینده نزدیک کارهایی بتواند انجام دهد که نظیر نداشته باشد و تا به حال قادر به انجام آن نشده است. یکی از این کارها، در زمینه پزشکی و ساخت دارو ها و معالجه بیماران صعب العلاج است. همانگونه که می دانیم بسیاری از بیماری ها به دلیل عدم سنتز یک، یا چند نوع پروتئین است که خود این عدم سنتز می تواند علت های خاصی داشته باشد. هورمونها و آنزیم ها و مولکولهای مهمی که عدم وجود آنها، مشکلات فراوانی را سبب می شود. پروتئومیکس در تشخیص این پروتئین ها کمک شایانی انجام می دهد. مثلا تشخیص پروتئین هایی که فقط در سلول های سرطانی تشکیل می شود و در سلولهای سالم دیده نمی شود. یا در تشخیص پروتین هایی که وجود و یا عدم وجود آنها در مغز یک انسان، مشکلات خاصی مانند MS و عقب ماندگی های ذهنی و نظایر آنها، ایجاد می کند. این رشته می تواند به پزشکان در ایجاد راهکارهایی برای درمان این نوع از بیماریها کمک کند. پزشکانی که روحیه تحقیق داشته باشند، می توانند ایده های خوبی را دنبال کنند، که فقط راه رسیدن به تحقق آنها، پروتئومیکس و ژنومیکس است.
به عنوان مثال، می توان سلول های مغز یک انسان عقب افتاده ذهنی را،  با سلول های مغز یک انسان سالم، مقایسه کرد (این بیماریها که اکثرا تا به حال، لا علاج و ژنتیکی بوده اند، بسیار جای کار دارند). این کار فقط با روش الکتروفورز 2 بعدی امکان پذیر است. اگر بیماری فرد، به خاطر عدم سنتز یک یا چند نوع پروتئین باشد، اگر بتوانیم این پروتئین ها را تهیه و تخلیص کنیم و یا به صورت مصنوعی، یا روش های ژنومیکس سنتز کنیم و آنگاه، به سلول برسانیم، در حقیقت کلید حل این  بیماری را یافته ایم و گام بزرگی را برداشته ایم.